截至2022年12月底，牡丹区辖11个街道（东城街道、西城街道、南城街道、北城街道、牡丹街道、万福街道、何楼街道、丹阳街道、岳程街道、佃户屯街道、皇镇街道）、13个镇（沙土镇、吴店镇、王浩屯镇、黄堽镇、都司镇、高庄镇、小留镇、李村镇、马岭岗镇、安兴镇、大黄集镇、胡集镇、吕陵镇）。2022年年末常住人口169.55万人。

注：行政区划数据由山东省民政厅提供；年末常住人口数据由山东省统计局提供。